15. oktober 1991 pomeni rojstni dan Olimpijskega komiteja Slovenije. Na ta dan je bila v Štihovi dvorani Cankarjevega doma v Ljubljani slavnostno podpisana Slovenska olimpijska listina. Poleg Leona Štuklja in Mira Cerarja so podpisu prisostvovali delegati 29-ih strokovnih zvez olimpijskih panog in 5-ih strokovnih zvez panog, ki jih priznava MOK. Za prvega predsednika je bil izvoljen dr. Janez Kocijančič.

Mednarodni olimpijski komite (MOK) je samostojnost slovenskega olimpijskega športa priznal 5. februarja 1992, ko je OKS sprejel kot polnopravnega člana MOK. Istega leta pa je OKS postal tudi polnopravni član Združenja evropskih nacionalnih olimpijskih komitejev (EOK).

Slovenski športniki so se udeležili olimpijskih iger prvič pod slovensko že februarja na 16. zimskih olimpijskih igrah v Albertvillu v Franciji in nato še na 25. poletnih olimpijskih igrah v španski Barceloni, kjer so osvojili prva olimpijska odličja v samostojni državi. Istega leta pa so bile podpisane tudi prve pokroviteljske pogodbe.

14. junija je bil OKS sprejet v Mednarodni komite sredozemskih iger (ICMG), kar je slovenskim športnikom dalo pravico nastopanja na Sredozemskih igrah. V francoski regiji Languedoc-Roussilon v drugi polovici junija je nastopilo 159 športnikov in športnic, ki so za Slovenijo osvojili kar 20 odličij.

Slovenijo je prvič od osamosvojitve obiskal predsednik mednarodne olimpijske organizacije, Juan Antonio Samaranch.

Leta 1993 je SKB banka prevzela glavno sponzorstvo slovenskih olimpijskih reprezentanc.

Pred ustanovitvijo krovne športne organizacije kot jo poznamo danes sta v Sloveniji delovala Olimpijski komite Slovenije (ustanovljen 15.10.1991) in Športna zveza Slovenije, katere naloge so bile usmerjene v razvoj športa in dejavnosti povezane s športom.

Zaradi boljše organiziranosti, možnosti boljšega trženja, enotnega predstavljanja ter nastopanja doma in v svetu ter racionalizacije delovanja sta se v skladu z odločitvijo članic Olimpijskega komiteja Slovenije in Športne zveze Slovenije obe organizaciji združili v Olimpijski komite Slovenije-Združenje športnih zvez (OKS-ZŠZ).

Predsednik nove organizacije je postal prvi predsednik OKS, dr. Janez Kocijančič.

Leta 1995 je OKS-ZŠZ ustanovil Slovensko olimpijsko akademijo, katere predsednik je postal Mira Cerarja. Istega leta je bil ustanovljen tudi odbor športa na lokalni ravni, ki poleg odbora športa za vse in odbora za vrhunski šport predstavlja enega temeljnih stebrov krovne športne organizacije.

Poleg novih konceptov organiziranosti OKS-ZŠZ pa je leto 1995 pomembno tudi zaradi novih virov financiranja slovenskega športa. Konec tega leta je namreč OKS-ZŠZ ustanovil Športno loterijo, d. d., ki je pomenila nov korak pri pridobivanju finančnih sredstev za šport, saj se del koncesijskih dajatev iz iger na srečo športnim organizacijam razdeli preko Fundacije za financiranje športnih organizacij.

Leto 1996 svet in z njim tudi Slovenija praznuje 100. obletnico prvih olimpijskih iger moderne dobe, hkrati pa je OKS-ZŠZ zaznamoval tudi petletnico lastne ustanovitve.

S ciljem ohranjanja in dvigovanja olimpijske ideje na slovenskih tleh je OKS-ZŠZ začel izvajati številne projekte in prireditve, ki so namenjene širjenju olimpijske miselnosti ter skrbijo za pestrost in prijetno druženje športnih navdušencev.

Slovenski olimpijci pridno polnijo bero olimpijskih odličji - iz Atlante se vračajo z dvema odličjema, paraolimpijci pa kar s petimi. Med otvoritveno slovesnostjo v Atlanti je svet s svojim »mimohodom« navdušil takrat najstarejši še živeči olimpionik, Leon Štukelj.

OKS-ZŽZ je leta 1997 sprejel Pravilnik o priznanjih in nagradah, na podlagi katerega je začel športnikom, trenerjem, športnim delavcem in drugim zaslužnim za razvoj slovenskega športa podeljevati priznanja in nagrade.

Slovenija je imenovala ambasadorja in ambasadorko za šport, telovadca Mira Cerarja in rokometašico Simono Šturm, za njunega namestnika pa je imenoval Stanislava Pintarja. Ambasadorji šport iz Evrope so se prvič srečali decembra v Strasbourgu.

S svojim obiskom nas v času Zlate lisice že drugič od osamosvojitve počasti predsednik MOK, Juan Antonio Samaranch. Ob tej priložnosti je iz rok takratnega predsednika Republike Slovenije, Milana Kučana, prejel zlati častni znak svobode, visoko državno odlikovanje.

Celotno leto 1998 je zaznamovala 100. obletnica rojstva olimpionika Leona Štuklja, v čigar čast je OKS-ZŠZ skupaj s Slovensko olimpijsko akademijo na Bledu organiziral mednarodni simpozij z naslovom Šport – starost – zdravje. Pred začetkom simpozija je Slovenska olimpijska akademija ustanovila Klub slovenskih olimpijcev, katerega predsednik je postal Miro Cerar. Ob praznovanju je bila izdana tudi publikacija o Leonu Štuklju 100 let – 100 slik.

Slovesnosti ob praznovanju 100-letnice Leona Štuklja se je udeležil tudi Juan Antonio Samaranch.

Sredi junija se je na 109. zasedanju MOK v Seulu Slovenija skupaj z Italijo in Avstrijo predstavljala kot kandidatka za organizacijo 20. zimskih olimpijskih iger. Projekt Igre brez meja je dobil veliko pohval, a ne zadostne podpore. Organizacija 20. zimskih olimpijskih iger 2006 je bila zaupana italijanskemu Torinu.

OKS-ZŠZ je v okviru prizadevanj za dober statusni položaj slovenskih športnikov začel z izvajanjem pomembnih projektov, kot so uvedba nadstandardnega zavarovanja vrhunskih športnikov, uvedba pravice do dodeljevanja licenc športnikov in športnih delavcev na področju vrhunskega športa ter uvedbo štipendiranja športnikov (že prvo leto je štipendije prejemalo 75 športnikov).

Slovenija je gostila zasedanje izvršnega komiteja Evropskih nevladnih športnih organizacij (ENGSO) v Ljubljani in zasedanje Mednarodnega sveta za arbitražo v športu (ICCAS) na Bledu.

Nastop na olimpijskih igrah v avstralskem Sydneyu je prinesel največji uspeh slovenskega športa v samostojni Sloveniji. Slovenija je z dvema zlatima medaljama pozlatila svojo olimpijsko bero. 

Državni zbor RS je po dolgih letih nastajanja sprejel Nacionalni program športa, ki je upošteval bistvene pripombe športnih zvez, ki so bile posredovane prek OKS-ZŠZ. 

OKS-ZŠZ je sredi oktobra praznoval 10. obletnico ustanovitve.

Tega leta je OKS-ZŠZ skupaj z Ministrstvom za šolstvo, znanost in šport ustanovil Nacionalno antidoping komisijo, ki je prevzela boj proti uporabi prepovedanih substanc v športu. Za predsednika komisije je bil izvoljen Jožko Osredkar.

Junija 2001 je OKS-ZŠZ v Portorožu gostil generalne sekretarje vseh evropskih olimpijskih komitejev in vodij delegacij za Salt Lake City 2002. Kot takratni predsednik EOC je na seminarju sodeloval tudi današnji predsednik MOK, Jaques Rogge.

Slovenski športniki so nas na 20. zimskih olimpijskih igrah razveselili z novim odličjem. Smučarski skakalci so v kategoriji ekipnih smučarskih skokov dosegli bronasto odličje.

V Ljubljani je bil septembra organiziran kongres Evropskega združenja za fair play, na katerem je sodelovali prek 90 uradnih udeležencev in ambasadorjev športa.

Na volilni seji skupščine je za predsednika ponovno izvoljen Janez Kocijančič.

OKS-ZŠZ je na Bledu gostil mlade športnike, ki so sodelovali na Olimpijskem festivalu evropske mladine.

Skupaj z Nogometno zvezo Slovenije pa je OKS izvedel projekt Nogometna ulica v 3 večjih slovenskih mestih: Ljubljani, Kopru in Murski Soboti. V programu dnevne vadbe in na turnirjih je sodelovalo 330 otrok. Projekt je bil vključen v evropski projekt uličnega nogometa, ki je potekal pod okriljem Nemške športne zveze.

OKS-ZŠZ se začel postopek za uvedbo regijskih pisarn.

Slovenski športniki nas v Atenah razveselijo s štirimi novimi olimpijskimi odličji. Poleg medalj v atletiki in veslanju, panogah, kjer smo Slovenci že osvajali odličja, sta razveselili tudi odličji v judu in jadranju, kar je pokazalo, da se slovenski vrhunski športni vrh širi in dalo veliko obetov za nadaljnji razvoj.

S štirimi novimi odličji bero medalj v Atenah dopolnijo tudi paraolimpijci.

Izvršni odbor je na eni od svojih rednih sej sprejem nov Pravilnik nacionalne antidopinške komisije, ki je bil usklajen s kodeksom WADA.

Slovenija je bila prvič zastopana na Svetovnih igrah v nemškem Duisburgu. 

V Planici in Seči pri Portorožu OKS-ZŠZ v sodelovanju s Centrom za šolske in obšolske dejavnosti odpre Olimpijska centra. 

Na področju vrhunskega športa je po dveh letih strokovnega in analitičnega dela ekspertne skupine OKS-ZŠZ izdelal predlog Pravil in kriterijev za registriranje in kategoriziranje športnikov v Republiki Sloveniji. 

 Predsednik OKS-ZŠZ Janez Kocijančič je na zasedanju 34. generalne skupščine EOK v Dublinu izvoljen v Izvršni odbor EOK. 

Olimpijske igre v Torinu za Slovenijo niso prinesle novih medalj, pa vendar je bil nastop slovenske delegacije ocenjen kot uspešen. Smo pa Slovenci imeli priložnosti olimpijski ogenj videti v živo, saj je njegova pot tekla tudi po našem ozemlju. 

Z letom 2006 je začelo s poslovanjem hčerinsko podjetje OKS-ZŠZ, OKS-Olimp, storitveno podjetje, ki po vsebini svojega poslovanja deluje predvsem na področju trženjskih aktivnosti. Podjetje je prevzelo vso marketinško dejavnosti OKS-ZŠZ, med njegove vzporedne dejavnosti pa se uvrščajo tudi storitve s področja financ, logistike in usposabljanja. 

Na volilni seji skupščine je za predsednika ponovno izvoljen Janez Kocijančič. 

OKS-ZŠZ je ustanovil Sklad za vrhunske športnike, ki je namenjen finančni podpori najboljšim športnikom. V letu 2007 so bili finančne spodbude deležni medaljisti olimpijskih iger v Atenah.

Na področju športa za vse je OKS-ZŠZ je skupaj z MŠŠ razvil aplikacijo Spletni koledar športa za vse, ki vsem organizatorjem športnorekreativnih prireditev in vodene vadbe omogoča brezplačno objavo tovrstnih podatkov na spletni strani portala.

Slovenija je s kar 5-imi osvojenimi olimpijskimi medaljami v Pekingu zasedla tretje mesto med državami ob upoštevanju števila prebivalcev na osvojeno medaljo. Tudi paraolimpijska reprezentanca v Pekingu je bila najmočnejša. Štela je 30 športnikov, ki so osvojili 3 medalje.

OKS-ZŠZ je s projektom Slovensko olimpijsko mesto, ki je trajal med olimpijskimi igrami v Pekingu, prvič prenesel olimpijski utrip tudi v slovensko prestolnico.

Na pobudo WADA je OKS-ZŠZ sprejel Pravilnik v boju proti dopingu Naciponalne antidopinške komisije in Pravilnik proti dopingu OKS-ZŠZ. Dokumenta pomenita podlago za učinkovitejši bolj proti uživanju nedovoljenih sredstev v športu.

OKS-ZŠZ se je na podlagi predhodno prejetih dokumentov s področja dopinga ter v skladu s pričakovanji WADA in MOK reorganiziral in usmeril v intenzivnejši program boja proti dopingu v športu na vseh njegovih področjih. Leta 2009 je ustanovil Oddelek boja proti dopingu.

Olimpijske igre v Vancouvru so Slovenijo zaznamovali dve športni junakinji: Petra Majdič, ki je po hudem padcu in z zlomljenimi rebri Sloveniji pritekla bronasto odličje, za kar je prejela tudi Terry Foxovo nagrado (prejmejo jo športnik ali športnica, ki pooseblja pogum in odločnost v premagovanju ovir), in Tina Maze, ki je edina slovenska športnica z dvema medaljama istih olimpijskih iger. 

Avgusta 2010 je Singapur gostil prve mladinske olimpijske igre, ki jih je MOK uvedel na pobudo predsednika Jacquesa Roggeja. Slovenski športniki so osvojili 4 odličja. 

Na decembrski volilni seji skupščine je za predsednika ponovno izvoljen Janez Kocijančič, ki je s tem nastopil 5. mandat.